Министерство внешнеэкономических связей, торговли и предпринимательства Республики Башкортостан реорганизовано в соответствии с Указом Президента Республики Башкортостан от 14 ноября 2006 года УП-507.
История министерства начинается с 1990 года - с момента образования Управления внешних экономических связей. Накапливая все больший опыт в сфере внешнеэкономической деятельности уже в 1991 году Управление внешних экономических связей было преобразовано в Государственный комитет Республики Башкортостан по внешним экономическим связям, а в 1992 году - в Министерство внешних связей Республики Башкортостан.
В 1997 году в связи с реорганизацией органов исполнительной власти на Министерство внешних связей Республики Башкортостан были возложены функции по развитию внутренней торговли. Оно было преобразовано в Министерство внешних связей и торговли Республики Башкортостан. С 1998 года на министерство дополнительно возложены функции по координации развития услуг и малого предпринимательства.
В 2002 году Министерство внешних связей Республики Башкортостан и Государственный комитет Республики Башкортостан по промышленной политике были объединены в Министерство промышленности, внешних связей и торговли Республики Башкортостан. Министерство осуществляло государственную политику и управление в области промышленности, научно-технического, инновационного развития, международных и внешнеэкономических связей Республики Башкортостан, экономических и торговых связей с регионами Российской Федерации, в области внутренней торговли, бытовых услуг и государственной поддержки малого предпринимательства.
Сегодня на Министерство внешнеэкономических связей, торговли и предпринимательства Республики Башкортостан возложены задачи по координации и регулированию деятельности в области международных и внешнеэкономических связей Республики Башкортостан, межрегиональных связей с субъектами Российской Федерации, внутренней торговли и общественного питания, бытового обслуживания и государственной поддержки малого предпринимательства. Министерство обеспечивает международные связи Республики Башкортостан с органами государственной власти иностранных государств, субъектами иностранных федеративных государств, административно - территориальными образованиями иностранных государств, международными организациями и межрегиональные связи с субъектами Российской Федерации.
